Vào những năm 1979-1980 người Việt tỵ nạn bắt đầu đến Ðức và số người Công Giáo cũng tăng dần, nhất là thời điểm 1980-1986, khi con tàu nhân đạo CAP ANAMUR của Ðức cứu vớt hơn 11.000 người từ biển Ðông, mà đa số đều định cư tại Ðức. Người Việt đã bắt đầu hội nhập vào quê hương thứ hai và sinh sống lan rộng trên toàn nước Ðức. Vì thế, mục tiêu, đường lối và cơ cấu tổ chức của HỘI cần được thay đổi để thích ứng với hoàn cảnh và nhu cầu mới.

Năm 1987, HỘI CÔNG GIÁO VIỆT NAM TẠI ÐỨC đã chính thức đổi danh xưng thành LIÊN ÐOÀN CÔNG GIÁO VIỆT NAM TẠI ÐỨC, tượng trưng một mái nhà chung cho tất cả người Công Giáo gốc Việt tại Đức và cũng là ÐẠI DIỆN chung cho các Cộng Ðoàn Công Giáo Việt Nam tại các điạ phương rải rác trên toàn nước Ðức. Một Ban Chấp Hành Liên Ðoàn được các vị Ðại Biểu từ các vùng Mục vụ bầu ra với nhiệm kỳ 2 năm.

Ngoài những sinh hoạt Mục Vụ thường xuyên, LIÊN ÐOÀN CÔNG GIÁO VIỆT NAM TẠI ÐỨC hàng năm còn tổ chức những buổi tĩnh tâm dành cho mọi giới, các cuộc Hành Hương công tác xã hội liên quan đến Giáo Dân Việt Nam và nhận sự trợ giúp một phần nhỏ từ Hội Ðồng Giám Mục cùng các Tổng Giáo Phận và Giáo Phận Ðức, phần lớn còn lại là do sự đóng góp hảo tâm của mọi thành phần Công Giáo. Một đặc điểm là mỗi năm đều tổ chức một Ðại Hội Công Giáo toàn quốc, kéo dài 3 ngày liên tiếp vào dịp lễ Ðức Chúa Thánh Thần Hiện Xuống với cao điểm lên đến 6.000 tham dự viên từ khắp nơi trên toàn quốc cũng như các Giáo Dân Việt Nam từ các quốc gia lân cận đổ về. Mỗi Ðại Hội được mang một chủ đề riêng biệt tuỳ theo nhu cầu và tình hình.

Hiện nay có 15.000 người Công Giáo Việt Nam sinh sống trên nước Ðức trong số khoảng 50.000 người Việt được công nhận quyền tỵ nạn, 28 Linh Mục, 1 Sư Huynh và 31 Tu Sĩ nam nữ. Trong số 28 Linh Mục, một nửa phụ trách mục vụ trong các Giáo Xứ Ðức và một nửa phụ trách mục vụ cho các Giáo Dân Việt Nam, hoặc đảm nhiệm cả hai.

Mặc dù Giáo Hội Công Giáo Ðức được chia ra thành 7 Tổng Giáo Phận và 20 Giáo Phận, nhưng trong sinh hoạt của các Cộng Ðoàn Công Giáo Việt Nam thì được chia thành 10 Vùng. Mỗi Vùng Mục vụ bao gồm nhiều Cộng Ðoàn và được hướng đẫn bởi Linh Mục Tuyên Úy do các Ðức Giám Mục bổ nhiệm. Sau đây là các Vùng (từ Bắc xuống Nam):

1- Linh Mục Antôn Đỗ Ngọc Hà phụ trách mục vụ cho 1200 Giáo Dân Việt Nam thuộc Tổng Giáo Phận Berlin (thành phố Brandenburg, Postdam, Frankfurt/Oder).

2- Linh Mục Lê Phan, SJ (Stephan Taeubner) là một Linh Mục người Đức thông thạo tiếng Việt, phụ trách mục vụ cho người Việt di dân tại Berlin.

3- Linh Mục Paul Phạm Văn Tuấn phụ trách mục vụ cho 1200 Giáo Dân Việt Nam Tổng Giáo Phận Hamburg (thành phố Hamburg, Kiel, Luebeck, Schwerin. . .) và Giáo Phận Hildesheim (thành phố Hannover, Goettingen, Braunschweig, Cuxhaven. . .).

4- Linh Mục Jos. Huỳnh Công Hạnh, SVD phụ trách mục vụ cho 1.400 Giáo Dân Việt Nam thuộc hai Giáo Phận Muenster và Osnabrueck (thành phố Muenster, Osnabrueck, Oldenburg, Bremen . . .).

5- Linh Mục Đaminh Nguyễn Ngọc Long phụ trách mục vụ cho 2.500 Giáo Dân Việt Nam thuộc Tổng Giáo Phận Koeln (nhiều người Công Giáo nhất nước Ðức -khoảng trên 2 triệu- với các thành phố Duesseldorf, Koeln, Bonn. . .) và kể từ tháng 3 năm 2005 Ngài đảm nhận trách nhiệm luôn Giáo Phận Aachen (thành phố Aachen, Mönchengladbach, Krefeld và Viersen) gồm khoảng 1000 giáo dân VN, gần biên giới nước Bỉ, trước đây do Linh Mục Giuse Nguyễn Văn Tịnh quản nhiệm, nay ngài đã về hưu.

6- Linh Mục Antôn Huỳnh Văn Lộ phụ trách mục vụ cho 1.700 Giáo Dân Việt Nam trong các Giáo Phận Limburg (thành phố Frankfurt/Mainz, Wiesbaden. . .), Giáo Phận Mainz, Giáo Phận Speyer (thành phố Speyer, Ludwigshafen. . .) và Tổng Giáo Phận Freiburg (thành phố Karlruhe, Mannheim. . .). Hiện nay Ngài còn đảm nhiệm chức vụ Ðại Diện Liên Tu Sĩ Việt Nam tại Ðức.

7- Linh Mục Franz. Nguyễn Ngọc Thủy, SAC phụ trách mục vụ cho 1.300 Giáo Dân Việt Nam thuộc Tổng Giáo Phận Paderborn (thành phố Herne, Dortmund, Hamm. . .) và Giáo Phận Essen (thành phố Essen, Luedenscheid. . .).

8- Linh Mục Johannes Nguyễn Ngọc Thy phụ trách mục vụ cho 1000 Giáo Dân Việt Nam thuộc Giáo Phận Trier (thành phố Koblenz, Bad Kreuznach. . .).

9- Linh Mục Vinzenz Trần Văn Bằng phụ trách mục vụ cho 1.100 Giáo Dân Việt Nam thuộc Tổng Giáo Phận Bamberg (thành phố Nuernberg, Rothenburg, Bayreuth. . .), Giáo Phận Eichstaett, Giáo Phận Regensburg (thành phố Landshut, Straubing. . .) và Giáo Phận Würzburg.

10- Linh Mục Stephano Bùi Thượng Lưu phụ trách mục vụ cho Giáo xứ các Thánh Tử vì đạo VN và một Trung tâm Công Giáo Việt Nam tại Stuttgart, gồm 1.700 Giáo Dân Việt Nam thuộc Giáo Phận Rottenburg-Stuttgart (thành phố Goeppingen, Tuebingen, Ulm, Heilbronn. . .) Hiện nay Ngài là Chủ Nhiệm Nguyệt San DÂN CHÚA Âu Châu và cũng là phụ tá Ðại diện Liên Tu Sĩ Việt Nam tại Ðức.

11- Linh Mục Thomas Lê Thanh Liêm phụ trách mục vụ cho Giáo xứ Nữ Vương Hoà Bình và một Trung tâm Công Giáo Việt Nam tại München, gồm 1.100 Giáo Dân Việt Nam thuộc Tổng Giáo Phận München-Freising (thành phố Muenchen, Dachau, Freising. . .), Giáo Phận Ausburg (Thành Phố Memmingen, Dillingen. . .) và Giáo Phận Passau.

Biến cố 30.4.1975 đã quyết định sự hiện diện của LIÊN ÐOÀN CÔNG GIÁO VIỆT NAM và CÁC CỘNG ÐOÀN CÔNG GIÁO VIỆT NAM TẠI ÐỨC. Dù xa Quê Hương nhưng vẫn hiệp thông với GIÁO HỘI QUÊ NHÀ qua đời sống ÐỨC TIN gắn bó với nhau để bảo tồn VĂN HOÁ VIỆT NAM và là chứng nhân sống động của THIÊN CHÚA trên xứ người.